W Kolekcji Galerii Bunkier Sztuki znajduje się obecnie 400 prac kilkudziesięciu artystów polskich i zagranicznych.

Galeria kolekcjonuje sztukę od początku swojego istnienia, czyli od połowy lat 60. Jako instytucja działająca w ramach sieci Biur Wystaw Artystycznych otrzymywała fundusze z Wydziału Kultury Miejskiej Rady Narodowej w Krakowie na zakup prac artystów krakowskich. W 1993 roku większość zgromadzonych zbiorów została wyprzedana na aukcji, a pieniądze przeznaczono na bieżącą działalność. Równocześnie wstrzymano na kilka lat wszelkie zakupy. Na początku XXI wieku wrócono do budowania kolekcji. Nadal w zdecydowanej większości były to prace artystów z Krakowa lub z Krakowem związanych. Wiele z nich pochodziło z wystaw prezentowanych w Bunkrze. Od 2012 roku zaczął funkcjonować ministerialny program „Regionalne kolekcje sztuki współczesnej”, w ramach którego galeria kupiła kilkadziesiąt prac.

Największy pokaz Kolekcji Bunkra odbył się w 2007 roku w Sukiennicach w ramach wystawy Wreszcie nowa! Małopolskie kolekcje sztuki nowoczesnej. Zaprezentowano wtedy około 100 prac. Bieżący pokaz ma charakter sygnalny, a jego celem jest przede wszystkim ukazanie różnorodności mediów i problemów, jakie ta Kolekcja reprezentuje. Ekspozycja obejmuje zbiory od lat 60. do współczesności.